FKKMK UGM sebagai institusi pendidikan telah berkembang menjadi institusi yang tidak hanya menghasilkan lulusan dokter umum. FKKMK UGM memiliki 3 program studi sarjana jenjang S1 (Pendidikan Dokter, Keperawatan, dan Gizi Kesehatan), 6 program studi master (S2), 20 spesialisasi, 1 program studi doktoral, 32 departemen, dan 9 pusat studi. Sejak tahun 2013, secara struktural program pendidikan dokter menjadi program studi di bawah FKKMK UGM, yang mencakup fase pendidikan sarjana (akademik) dan fase rotasi klinis (profesi). Nama resmi program ini adalah Program Studi Pendidikan Dokter (PD). Mahasiswa PD melakukan praktik klinis di beberapa rumah sakit akademik jejaring yang dikoordinir oleh FKKMK UGM, RSUP Dr. Sardjito- Yogyakarta, dan RS Dr. Soeradji Tirtoegoro- Klaten.